Das Territorium wurde durch die helvetische Verfassung in Kantone eingeteilt. Diese hatten nur in der Minderheit der Fälle die territorialen Grenzen der vormaligen Orte der alten Eidgenossenschaft und sie unterschieden sich ebenso oft von den Kantonen, wie sie nach der Helvetik und besonders nach 1815 bestanden. Die Neuaufteilung hatte drei hauptsächliche Zwecke. Sie war eine Massnahme, um die Bedeutung der alten Herrschaften und im besonderen das Gewicht Berns zu brechen, um die bisherigen Untertanengebiete als gleichberechtigte Territorien zu etablieren und um vernünftigere Verwaltungseinheiten zu erreichen. Dafür hatte die helvetische Verfassung vom 12. April 1798 21 Kantone vorgesehen. Diese Zahl reduzierte sich bis Mitte des Jahres 1798 auf 18 Kantone, wobei die zahlenmässige Reduktion noch die kleinste Abweichung darstellte. Es entstanden nun auch die Kantone Baden, Linth, Oberland, Säntis und Waldstätten. Im Falle von Linth und besonders von Waldstätten war dies auch eine Massnahme der militärischen Unterwerfung. Im April 1799 schloss sich Rätien der Helvetischen Republik an. Allerdings hatten hier der Zweite Koalitionskrieg und innere Friktionen zur Folge, dass Rätien kaum je eine Verwaltungsrealität der Zentralverwaltung wurde. Für Guisan und die Division III des Kriegsministeriums lag die südöstliche Landesgrenze im Sommer 1800 nördlich vor Chur.
Die 19 Kantone waren:
- Aargau: umfasste den Berner Aargau, bis 1801 ohne den Bezirk Zofingen; am 2. Juli 1802 wurde der Kanton Aargau mit Baden zum Kanton Aargau vereinigt.
- Baden: umfasste die Gemeinen Herrschaften Grafschaft Baden und Freie Ämter; wurde am 2. Juli 1802 mit Aargau und dem Fricktal zum Kanton Aargau vereinigt.
- Basel, ohne die Gemeinden Allschwil, Schönenbuch, Oberwil, Therwil, Reinach, Arlesheim, Ettingen, Aesch und Pfeffingen.
- Bellinzona: hervorgegangen aus den ehemaligen Gemeinen Herrschaften Blenio, Riviera, Bellinzona und dem Urner Untertanengebiet Leventina; wurde am 2. Juli 1802 mit dem Kanton Lugano zum Kanton Tessin vereinigt.
- Bern: ohne die Untertanengebiete Waadt und Aargau und ohne das Oberland, mit der bis dahin gemeinsam mit Freiburg verwalteten Vogtei Schwarzenburg; wurde am 2. Juli 1802 wieder mit dem Berner Oberland vereinigt.
- Freiburg: mit den bernischen Landvogteien Payerne und Avenches und Gemeiner Herrschaft Murten.
- Léman: hervorgegangen aus dem bernischen Waadtland und den Gemeinen Herrschaften Echallens, Orbe, Grandson.
- Linth: hervorgegangen aus Glarus, den Gemeinen Herrschaften Uznach, Gaster, Sargans, Gams, dem Schirmort Rapperswil, dem Obertoggenburg sowie dem Zürcher Untertanengebiet Sax und dem Glarner Untertanengebiet Werdenberg sowie den schwyzerischen Untertanengebieten March, Höfe und Einsiedeln; wurde am 2. Juli 1802 aufgeteilt und in Kanton Glarus umbenannt.
- Lugano: hervorgegangen aus den ehemaligen Gemeinen Herrschaften Lugano, Mendrisio und Locarno; wurde am 2. Juli 1802 mit dem Kanton Bellinzona zum Kanton Tessin vereinigt.
- Luzern, ohne die ehemaligen Vogteien Hitzkirch und Aesch.
- Oberland: Berner Oberland; wurde am 2. Juli 1802 mit dem Kanton Bern vereinigt.
- Rätien: Zugewandter Ort Drei Bünde ohne die Untertanengebiete Chiavenna, Veltlin und Bormio; Beitritt zur Helvetischen Republik am 21. April 1799
- Säntis: hervorgegangen aus der Fürstabtei St. Gallen, der Stadt St. Gallen, dem Untertoggenburg, beiden Appenzell und der Herrschaft Rheintal, später auch dem Obertoggenburg; einzelne Regionen sagten sich im August 1802 los.
- Schaffhausen: mit der zürcherischen Stadt Stein am Rhein und bis 1800 dem Bezirk Diessenhofen.
- Solothurn
- Thurgau: hervorgegangen aus verschiedene weltlichen und geistlichen Herrschaften und dem eidgenössischen Untertanengebiet; bis 1800 ohne Bezirk Diessenhofen.
- Waldstätte: Zusammenfassung von Uri, Schwyz, Obwalden, Nidwalden, Zug, Engelberg und Gersau; ab 5. November 1801 Zerfall in die Kantone Unterwalden, Schwyz, Zug und Uri.
- Wallis: helvetischer Kanton bis im November 1801; ab 30. August 1802 als Folge französischen Diktats unabhängige Republik.
- Zürich: ohne Stein am Rhein, Sax, Schlieren und Dietikon.
Nichthelvetische Territorien waren Genf, das Département Mont-Terrible (Jura), die Principauté de Neuchâtel und bis 20. Februar 1802 das Fricktal (Vorderösterreich).
Vgl. dazu auch:
- «Die Karten der Helvetischen Republik» in «Raumkenntnisse, Kartenwissen, Raumorganisation».